Biopython tutorial on windows10(1) PythonとBiopythonの導入

Pythonの導入

Pythonは2系と3系が存在しますが、2系のサポートが2020年1月1日に終了していることや、Biopythonが3系でも動作可能であることから、Python3のインストールを行います。ライブラリ等の互換性を考慮し32bit版をダウンロードします。

Pythonが導入されていない状態ではコマンドラインで python と打つとMicrosoft Storeのダウンロード画面に遷移します。

当環境では、Microsoft Storeからのインストールができなかったので、公式サイトから3.7.6のダウンロードを行います。

FilesWindows x86 executable installer をクリックし、インストーラをダウンロードします。インストーラーを立ち上げてAdd Python 3.7 to PATHにチェックを付けます。Install Nowでインストールが開始します。

インストール終了後、コマンドラインで py -v と入力し、以下のメッセージとともに起動したらインストール完了です。

次に、インストールしたPythonのPATHをシステム環境変数に追加します。コントロールパネルシステム環境変数の編集を開きます。
下の方にあるシステム環境変数(ユーザー環境変数の方ではない)の
変数のカラムにPathと書かれている部分を探し、ダブルクリックします。

「新規」をクリックし、;C:\bin\Python\Python37-32;C:\bin\Python\Python37-32\Scripts
を追加してOKを押します。

コマンドラインを再起動して、pythonと入力し、Pythonが起動したらパスは正常に通っています。

ついでにpip(パッケージマネージャー)もインストールされているか確認するために、pipと入力しましょう。

Biopythonの導入

Biopythonはpipでインストールが可能です。
コマンドラインでpip install biopythonと入力すると必要なパッケージ群のDLが開始します。しばらくするとインストールが終わります。

次に、Biopythonのインストールを確認します。コマンドラインでpythonと入力して先程インストールしたpython3.7.6を起動し、import Bioと入力します。以下の写真のようにエラーが出なかったら導入は成功しています。

次回は、Biopythonを利用したLocal blastの実行方法について説明します。
Local blastをPython上で実行できることで、実行結果を別のアプリケーションに渡して解析するといったスクリプトの作成も簡単に行えるようになります。